Voy a explicar como realizar un backup o copia de seguridad de tu base de datos MySql desde PHP. 

//servidor MySql
$C_SERVER='tu_servidor';
//base de datos
$C_BASE_DATOS='tu_base_de_datos';
//usuario y contraseña de la base de datos mysql
$C_USUARIO='tu_usuario';
$C_CONTRASENA='tu_contraseña';
//ruta archivo de salida 
//(el nombre lo componemos con Y_m_d_H_i_s para que sea diferente en cada backup)
$C_RUTA_ARCHIVO = '/ruta_hasta/backups/backup_'.date("Y_m_d_H_i_s").'.sql';
//si vamos a comprimirlo
$C_COMPRIMIR_MYSQL='true';


//comando
$command = "mysqldump --opt -h ".$C_SERVER." ".$C_BASE_DATOS." -u ".$C_USUARIO." -p".$C_CONTRASENA.
     " -r \"".$C_RUTA_ARCHIVO."\" 2>&1"; 
 
//ejecutamos
system($command);

//comprimimos
if ($C_COMPRIMIR_MYSQL == 'true') {
 system('bzip2 "'.$C_RUTA_ARCHIVO.'"');
}

*Supongo que el tutorial es aplicable a cualquier tipo de base de datos siempre y cuando tenga una consola y comandos correspondientes, sería cuestión de adaptar el código.