Voy a explicar como realizar un backup o copia de seguridad de tu base de datos MySql desde PHP.

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1//servidor MySql
2$C_SERVER='tu_servidor';
3//base de datos
4$C_BASE_DATOS='tu_base_de_datos';
5//usuario y contraseña de la base de datos mysql
6$C_USUARIO='tu_usuario';
7$C_CONTRASENA='tu_contraseña';
8//ruta archivo de salida
9//(el nombre lo componemos con Y_m_d_H_i_s para que sea diferente en cada backup)
10$C_RUTA_ARCHIVO = '/ruta_hasta/backups/backup_'.date("Y_m_d_H_i_s").'.sql';
11//si vamos a comprimirlo
12$C_COMPRIMIR_MYSQL='true';
13 
14 
15//comando
16$command = "mysqldump --opt -h ".$C_SERVER." ".$C_BASE_DATOS." -u ".$C_USUARIO." -p".$C_CONTRASENA.
17     " -r \"".$C_RUTA_ARCHIVO."\" 2>&1";
18  
19//ejecutamos
20system($command);
21 
22//comprimimos
23if ($C_COMPRIMIR_MYSQL == 'true') {
24 system('bzip2 "'.$C_RUTA_ARCHIVO.'"');
25}

*Supongo que el tutorial es aplicable a cualquier tipo de base de datos siempre y cuando tenga una consola y comandos correspondientes, sería cuestión de adaptar el código.